一、基本概念与似然比检验原理#
1.1 拟合优度检验的目的#
拟合优度检验用于评估观察数据与理论模型的匹配程度。通过比较两个嵌套模型(nested models)的拟合效果,判断简单模型是否足以描述数据。
关键术语:
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似然比检验 Likelihood Ratio (LR) Test
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卡方分布 χ² Distribution
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自由度 Degrees of Freedom
1.2 似然比检验步骤#
假设:
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大模型(备择假设)参数空间维度:k₁
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小模型(原假设)参数空间维度:k₀
检验统计量:
G=2log(L0L1)=2(logL1−logL0)
其中:
-
L1为备择假设下的最大似然值
-
L0为原假设下的最大似然值
当样本量足够大时,G服从卡方分布:
G∼χk1−k02
学习建议:理解参数空间维度差异与自由度的关系。例如当比较三维多项式分布与HWE模型时,自由度差为2-1=1。
二、多项分布案例:Hardy-Weinberg平衡检验#
2.1 问题设定#
假设基因型观测数据服从三项分布:
(X1,X2,X3)∼Trinomial(n,p1,p2,p3)
- *Hardy-Weinberg平衡(HWE)**假设:
⎩⎨⎧p1=(1−θ)2p2=2θ(1−θ)p3=θ2
2.2 似然值计算#
一般模型(无约束):
极大似然估计:
p^i=nXi
对数似然:
*
logL1=∑i=13Xilog(nXi)
HWE模型(约束模型):
极大似然估计:
θ^=2nX2+2X3
对数似然:
logL0=i=1∑3Xilogpi(θ^)
示例:假设观测到(X1,X2,X3)=(25,50,25),则:
θ^=20050+2×25=0.5logL0=25log(0.25)+50log(0.5)+25log(0.25)
三、独立性检验:列联表分析#
3.1 检验原理#
对于I×J列联表数据:
(Xij)∼Multinomial(n,{pij})
原假设:行变量与列变量独立
即存在{qi},{rj}使得:
pij=qirj(∑qi=1,∑rj=1)
3.2 检验统计量计算#
期望频数:
Eij=nXi+X+j
G统计量:
G=2i,j∑Xijlog(EijXij)
自由度:
df=(I−1)(J−1)
示例:2×2列联表
若观测到:
[10302040]
则期望频数为:
[12281842]
计算每个单元格的
Xlog(X/E)并求和。
四、正态分布案例:均值检验#
4.1 方差已知情况#
检验H0:μ=0,已知σ
似然比统计量:
G=σ2nXˉ2∼χ12
4.2 方差未知情况#
需同时估计σ:
G=nlog(∑i=1n(Xi−Xˉ)2∑i=1nXi2)
其中备择假设下 σ^12=n−1∑i=1n(Xi−Xˉ)2,故也可写成
G=nlog(1+Xˉ2/σ^12)。有限样本下通常使用单样本 t 检验。
五、学习要点总结#
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模型嵌套关系:确认原假设模型是备择假设的特例
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自由度计算:df = 大模型参数个数 - 小模型参数个数
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软件实现:建议使用R的chisq.test()或Pythonscipy.stats.chisquare验证计算结果
关键公式回顾:
G=2∑观测值×log(期望值观测值)
常见误区:
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样本量过小时卡方近似不准确
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忽略单元格期望频数需大于5的实践准则